韓国のチェジュ航空の事故機のブラックボックスである「フライトデータレコーダー（FDR）」と「操縦室音声記録装置（CVR）」の両方で、衝突前の最後の4分間の記録が保存されていないことが判明した。両エンジンが機能を喪失し、機体が電源シャットダウン状態に陥ったため、記録が途絶えた可能性が指摘されている。航空専門家は「極めて稀なエンジン故障」であり、700万分の1程度の確率だと説明した。
13日（現地時刻）、韓国CBSラジオ「キム・ヒョンジョンのニュースショー」に出演した極東大学・航空安全管理学科のクォン・ボホン教授は、チェジュ航空の事故機のブラックボックスの最後の4分が記録されていない点について「30年間（航空）安全を研究してきたが、ほぼ初めて聞くケースだ」と述べた。「737の場合、当該装置は航空機エンジンの発電機から交流電源を受けるが、両エンジンが機能を喪失したということは、エンジンの信頼性が非常に高い現代において極めて稀なケースだ」と説明した。
「多くの事故例を研究してきたが、このようにブラックボックスが作動せず記録が残っていないケースをほとんど見たことがない」と語ったクォン教授は、2基のエンジンが同時に故障する確率について「ほぼ700万分の1のレベルだ」と答えた。基本的には、全エンジンが停止した際、「補助動力装置（APU）」を作動させて電源を正常に供給すれば問題ないからだ。
クォン教授は、補助動力装置を作動できなかった理由については、次のように推測した。「航空機の進入中、最初は右エンジンに鳥が衝突し、右エンジンが停止または火災が発生した。それから左エンジンも同様に鳥と衝突してエンジン2基が停止したと推測される」とし、「この場合、油圧装置が機能しないため、航空機の操縦桿が非常に重くなる。機長と副操縦士の2人がしっかりと握らなければ方向を維持できないため、着陸装置の手動操作や補助動力装置を起動する余裕がなかっただろう」と説明した。
このようにブラックボックスの「最後の4分間」が謎として残る中、事故原因の解明に困難が予想される。クォン教授は「CVRとFDRから得られるデータのみが証拠となるが、これらの記録が残っていない場合、結局は推測しかできない」と説明した。
一方、これに関連して韓国国土交通省の航空・鉄道事故調査委員会の関係者は「調査はCVRとFDRのデータだけでなく、様々な資料の分析などを通じて行われる」とし、「データ保存中断の原因がエンジン動力喪失によるものか、接続ケーブル装置の不具合によるものかなどを明らかにし、正確な事故原因の究明に全力を尽くす」と述べた。